Слово церковь пишется с прописной буквы в двух случаях:

1) в значении ‘Божественное учреждение’ – в богословских текстах, а также если слову церковь в этом значении придается особый высокий смысл, например: Отцы Церкви, Заповеди Церкви;
2)   если слово Церковь используется вместо полного названия религиозной организации (например, вместо Русская православная церковь): решение Церкви.

В значениях ‘храм’ и ‘религиозная организация’ слово церковь пишется со строчной буквы, например: ходить вцерковь, служить в церкви, отлучить от церкви, отделение церкви от государства.

Источник: Грамота.РУ

Издательство Московской Патриархии дает следующие рекомендации.

Слово «церковь» в значении «храм», «архитектурное сооружение» пишется со строчной буквы: церковь Рождества Христова, церковь Спаса-на-Крови.

Слово «церковь» в соответствии с традицией синодального перевода в значении собрания верных Богу (Ветхий Завет), первых христиан (Новый Завет) пишется также со строчной: народы будут рассказывать о их мудрости, а церковь будет возвещать их хвалу (Еккл. 44, 14); и великий страх объял всю церковь и всех слышавших это (Деян. 5, 11); а Савл терзал церковь, входя в домы и влача мужчин и женщин, отдавал в темницу (Деян. 8, 3).

Со строчной буквы это слово пишется в значении «христианская семья»: приветствуйте Прискиллу и Акилу, сотрудников моих во Христе Иисусе… и домашнюю их церковь (Рим. 16, 3–4).

Слово «церковь» в значении «мистическое Тело Христово» пишется с прописной буквы: ты – Петр, и на сем камне Я создам Церковь Мою, и врата ада не одолеют ее (Мф. 16, 18); Дух Святый поставил вас блюстителями, пасти Церковь Господа и Бога, которую Он приобрел Себе Кровию Своею (Деян. 20, 28); Единая Святая Соборная и Апостольская Церковь (все слова, кроме служебных, с прописной и без запятых), Древняя неразделенная Церковь, Древняя Церковь.

В значении «объединение христиан в одну иерархическую организацию» это слово пишется с прописной буквы: Русская Православная Церковь, однако наличие апостольского преемства и канонического статуса сформировали особую традицию написания этого слова, о которой можно почитать в этой статье.

Источник: Редакционно-издательское оформление церковных печатных изданий: справочник автора и издателя. М: Издательство Московской Патриархии, 2015.

in Прописная / строчная