По рекомендациям некоторых (не всех) светских орфографических словарей, в названиях организаций и органов церковной власти пишется с прописной буквы первое слово и собственные имена.

• Русская православная церковь
• Поместный собор
• Вселенский собор
• Священный синод
• Евангелическо—лютеранская церковь
• Римско—католическая церковь

В православной и церковной литературе прописная буква используется намного чаще.

Издательство Московской Патриархии рекомендует следующие правила:

В названиях Поместных и Автономных Церквей с прописной буквы пишется каждое слово, кроме служебных и родовых:

• Русская Православная Церковь,
• Константинопольская Православная Церковь,
• Болгарская Православная Церковь,
• Православная Церковь в Америке,
• Элладская Православная Церковь,
• Польская Православная Церковь,
• Православная Церковь Чешских земель и Словакии,
• Синайская Архиепископия,
• Финляндская Автономная Православная Церковь, и др.

В названиях Церквей, сохранивших апостольское преемство, все слова, кроме служебных, также пишутся с прописной буквы: Римско-Католическая Церковь, Армянская Апостольская Церковь и т. д. Но: Ассирийская церковь Востока (несториане).

В названиях Восточно-католических (униатских) церквей с прописной буквы пишутся только первое слово и географические названия:

• Маронитская католическая церковь,
• Мелькитская церковь,
• Халдейская католическая церковь,
• Украинская греко-католическая церковь и т. д.

В названиях всех других инославных церквей с прописной буквы пишется только первое слово и название страны:

• Церковь Англии,
• Народная церковь Швеции,
• Епископальная церковь в США,
• Евангелическая церковь в Германии,
• Евангелическо-лютеранская церковь Латвии и т. д.

Наименования церквей в словосочетании Восточные Церкви и Западная Церковь, а также общее наименование Католической Церкви (в значении Римско-Католической Церкви, например Польская католическая церковь) пишутся с прописной буквы.

В словосочетаниях монофизитские церкви, протестантские церкви – все слова пишутся со строчной буквы. Обобщенные названия для монофизитских церквей предполагают три варианта: Древние Восточные Церкви, Дохалкидонские Церкви, Ориентальные Церкви. Слово православные в названиях этих церквей не употребляется.

В названиях конфессиональных союзов с прописной буквы пишется только первое слово и название страны:

• Англиканское сообщество,
• Нидерландские реформированные церкви,
• Союз евангелических конгрегационалистских церквей,
• Федерация швейцарских протестантских церквей,
• Протестантская федерация Франции.

В названиях «всемирных» конфессиональных организаций с прописной буквы пишется только первое слово:

• Всемирная лютеранская федерация,
• Всемирный баптистский союз,
• Всемирное сообщество реформатских церквей.

В названии старообрядческой Церкви, – организации, не находящейся в каноническом общении с Православными Церквами, с прописной пишутся все слова, кроме слова «старообрядческая»: Русская Православная старообрядческая Церковь.

Если названия старообрядческих общин не содержат слова «церковь», название общины пишется с прописной: московская Преображенская старообрядческая община, рижская Гребенщиковская старообрядческая община. Название толков старообрядческих общин пишется со строчной буквы: федосеевский, поморский.

В названиях сект слово «церковь» пишется со строчной буквы: церковь Муна. Если это слово стоит первым в условном обозначении в кавычках, его написание подчиняется общему правилу: секта «Церковь Христа». Допустимо заключение слова «церковь» в кавычки с сохранением строчной буквы: сектантские «церкви».

В названиях международных христианских союзов с прописной буквы пишется только первое слово: Всемирный совет церквей, Конференция европейских церквей.

Источник: Редакционно-издательское оформление церковных печатных изданий: справочник автора и издателя. М: Издательство Московской Патриархии, 2015.