Названия всех архитектурных элементов храма пишутся со строчной буквы: алтарь, притвор, апсида, купол и т. д.

Источник: Редакционно-издательское оформление церковных печатных изданий: справочник автора и издателя. М: Издательство Московской Патриархии, 2015.