В документах при написании полных официальных наименований высших церковных должностных лиц употребляются прописные буквы:

Патриарх Московский и всея Руси
Местоблюститель Патриаршьего престола
Вселенский Константинопольский Патриарх
Верховный Патриарх—Католикос всех армян
Католикос—Патриарх всея Грузии
Папа Римский

Однако в прочих текстах наименования этих лиц пишутся строчными буквами:

проповедь патриарха Кирилла
резиденция римского папы

Прочие церковные звания и должности пишутся строчными буквами. Так, со строчной буквы пишутся следующие слова: владыка, митрополит, архиепископ, архимандрит, архиерей, епископ, игумен, дьякон, протодьякон, протоиерей, иерей.

Источник: Грамота.РУ